He says that stemmed from fear that Nissan's autonomy would be threatened by its alliance with French carmaker Renault.
ゴーン前会長は、そのような陰謀と裏切りは、フランスの自動車会社ルノーとの経営統合で日産の独立性が脅かされるという恐れに端を発したものだと述べました。
autonomyは「独立性、自律性、自治（権）」です。ここでのautonomyは日産の「独立性」を意味していて、それをthreaten「脅かす」ものとして、ルノーとのallianceが挙げられています。
このニュースでのallianceは、ゴーン前会長が目指していた提携の次のステップである、両社の「経営統合、合併」を指していると考えられます。wouldが使われているのは、「日産とルノーの統合が現実となれば」という仮定での話だからです。
ゴーン前会長は事件の背景について、「アライアンスの次のステップ、つまり統合・合併に向けて進むことが、ある人たちには確かな脅威を与え、日産の独立性を脅かすかもしれないと恐れた」と述べています。