The deal covers the Japanese and EU markets, which have a total population of about 640 million and make up 28 percent of global GDP.
この協定は日本市場とＥＵ市場を対象にしています。この２つの市場は合計およそ６億４,０００万の人口を抱え、世界のＧＤＰ＝国内総生産の２８％を占めるものです。
ここでのcoverは「～に適用される、～を対象とする」という意味で使っています。
which以下で、直前のthe Japanese and EU markets「日本とＥＵの市場」を説明しています。
ここでのmake upは「（ある割合を）占める」という意味です。
GDPは、gross domestic productの略で「国内総生産」です。