Renault kept him in the top post, but he eventually resigned in January.
ルノーは彼を経営トップに残しましたが、最終的に彼は１月に辞職しました。
ここでのkeepは「持ち続ける」で、retainと同じ意味です。
eventuallyは「最終的には、結局は」で、時間をかけても「最後には」という含みがあります。
当初ルノーはゴーン前会長を経営トップに残す方針でしたが、勾留が長期化する中でフランスへの帰国が難しくなり、彼は自ら辞任を選んだものとみられています。