Japan will eliminate tariffs on 94 percent of imports from the EU, including agricultural products. The EU will scrap levies on 99 percent of imports from Japan.
日本は、農林水産品を含むＥＵからの輸入品の９４％に対する関税を撤廃することになります。ＥＵは、日本からの輸入品の９９％に対する課税を撤廃することになります。
eliminate tariffsは、remove tariffsと同様、「関税を撤廃する」です。
agricultural productは「農産物」ですが、実際には農業によって得られる生産物だけではなく、「農林水産品」を指します。
scrapは「廃棄する、廃止する」、 ここでのlevyは「（税金の）取り立て、（税金の）徴収」という名詞で、scrap leviesは「課税をやめる」、つまり「関税を撤廃する」です。