"I wonder where that came from. It's strange."
「どこから来たのでしょうか。不思議です」
wonderは「～だろうかと思う、～でしょうか」です。
wonder where ... came from「～がどこから来たのだろうか」ですが、wonder where ... wentなら「～がどこへ行ったのだろうかと思う」という意味になります。
"I wonder where that went. It's strange."
「どこへ行ったのでしょうか。不思議です」
thatは、その対象を指しています。